- colugo :Tunnetaan myös nimellä lentävät lemurit, nämä nisäkkäät liukuvat ilman läpi patagiumilla, kalvolla, joka ulottuu raajojensa väliin. Filippiinien kotkat kohdistuvat Colugosiin suurimman osan ruokavaliosta.
- jättiläinen lentävä orava :Nämä suuret oravat ovat arboreaalisia, asuvat puissa. Ne toimivat toisena Filippiinien kotkien ravintolähteenä.
- Filippiinien macaque :Tämäntyyppinen apina on kotoisin Filippiineille ja viettää suuren osan ajastaan puissa, mikä tekee niistä alttiita Filippiinien kotkien saalistamiselle.
- muut nisäkkäät :Filippiinien kotkat voivat myös toisinaan metsästää rottia, lepakoita ja muita pieniä nisäkkäitä, jotka asuvat metsissä.
On syytä huomata, että Filippiinien kotkat ovat huippuluokan petoeläimiä, mikä tarkoittaa, että ne ovat ruokaketjun yläosassa ja heillä ei ole luonnollisia saalistajia. Heidän metsästyskykynsä ja voimakkaat talonit antavat heille mahdollisuuden vangita ja tappaa saaliinsa tehokkaasti, mikä tekee heistä yhden maailman valtavimmista saalista.