Linnut kuuluvat Aves-luokkaan , joille on ominaista höyhenet, nokat ja siivet, kun taas lepakat kuuluvat Chiroptera-luokkaan, luokkaan Mammalia . Lepakot ovat ainoat nisäkkäät, jotka pystyvät lentämään.
Lepakoilla ja linnuilla on yhteinen esi-isä Synapsidiksi kutsuttu, joka oli olemassa noin 300 miljoonaa vuotta sitten. Tästä yhteisestä esi-isästä kaksi haaraa erosi:synapsidit, jotka kehittyivät nisäkkäiksi, ja sauropsidit, jotka synnyttivät matelijoita ja lintuja.
Vaikka niillä on saattanut olla yhteinen esi-isä, lepakoilla ja linnuilla on kehittynyt merkittäviä eroja anatomiassa, fysiologiassa ja käyttäytymisessä miljoonien vuosien aikana.