Biologisia mikroskooppeja on kahta päätyyppiä:yhdistelmämikroskoopit ja dissektointimikroskoopit. Yhdistelmämikroskoopit käyttävät kahta linssiä, objektiivilinssiä ja okulaarilinssiä, suurentamaan kohteen kuvaa. Objektiivin linssi sijaitsee mikroskoopin pohjassa ja kohdistaa valon näytteeseen. Okulaarilinssi sijaitsee mikroskoopin yläosassa ja suurentaa objektiivin tuottamaa kuvaa. Leikkausmikroskoopeilla on vain yksi linssi, objektiivilinssi, ja niitä käytetään suurempien näytteiden katseluun, jotka eivät vaadi yhtä paljon suurennusta.
Biologiset mikroskoopit voidaan varustaa erilaisilla lisävarusteilla, kuten valonlähteillä, suodattimilla ja tasoilla. Valonlähteet tarjoavat näytteen valaistuksen. Suodattimilla voidaan muuttaa valon väriä tai voimakkuutta. Tasoja käytetään pitämään näyte paikallaan.
Biologiset mikroskoopit ovat välttämättömiä työkaluja mikroskooppisen maailman tutkimiseen. Niiden avulla tutkijat voivat tarkkailla ja analysoida soluja, kudoksia ja mikro-organismeja yksityiskohtaisesti.