Platypusin tieteellinen nimi on Ornithorhynchus anatinus. Suvun nimi, Ornithorhynchus, on johdettu kreikan sanoista ὀρνις (ornis), joka tarkoittaa "lintua" ja ῥύγχος (rhynchos), joka tarkoittaa "nokkaa", viitaten vesinokkapuiden ainutlaatuiseen ankankaltaiseen nokkaan. Lajin nimi, anatinus, on johdettu latinan sanasta anas, joka tarkoittaa "ankkaa", viitaten jälleen platypusen muistuttamiseen ankkaan.
Siksi vesinokka on luokiteltu Ornithorhynchidae-heimon jäseneksi tieteellisen nimensä perusteella. Ornithorhynchidae-perhettä pidetään myös ainoana säilyneenä heimona nisäkäsluokassa Monotremata, mikä tekee platypus monotremesta pitkänokkaisen echidnan (Zaglossus) ja lyhytnokkaisen (Tachyglossus) rinnalla.