Meksikon susen uhanalaiseen merkittävin tekijä on elinympäristön menetys. Tämä johtuu suurelta osin luonnollisten elinympäristöjen muuntamisesta maatalous- ja kaupunkialueiksi. Seurauksena on, että meksikolaiset susit ovat menettäneet pääsyn luonnollisen saalispohjansa ja sopiviin dening -sivustoihin.
2. Metsästys ja ansastaminen
Historiallisesti meksikolaisia susia metsästettiin ja loukkuivat turkistaan ja saalistajien hallinnan keinona. Tämä susien mielivaltainen tappaminen vähensi edelleen väestöään.
3. Hybridisaatio
Meksikolaiset susit liittyvät läheisesti kojootteihin, ja kahden lajin välinen risteys on dokumentoitu. Hybridisaatio voi johtaa Meksikon susen geneettisen eheyden laimentamiseen ja ainutlaatuisten sopeutumisten menettämiseen, jotka ovat välttämättömiä heidän luonnollisessa ympäristössään selviytymiselle.