- Kuninkaalliset pingviinit :MacQuarie Islandilla asuu maailman suurin kuninkaallisten pingviinien populaatio, ja siellä pesii yli miljoona paria. Näitä pingviinejä voi nähdä saaren lukuisilla rannoilla ja kallioisilla rannoilla.
- Kuningaspingviinit :Kuningaspingviinejä löytyy myös MacQuarie Islandilta, mutta paljon pienempiä määriä kuin kuninkaallisia pingviinejä. Ne löytyvät siirtokunnista saaren pohjoispäässä.
-Gentoo pingviinit :Gentoo-pingviinit ovat pienimmät kolmesta MacQuarie Islandin pingviinilajista. Niitä voi nähdä saaren rannoilla ja kallioisilla rannoilla, mutta ne ovat harvinaisempia kuin kuninkaalliset ja kuningaspingviinit.
-Keisaripingviinit :Vaikka keisaripingviinejä tavataan pääasiassa Etelämantereella, pieni populaatio pesii Macquarien saarella. Ne ovat suurimpia pingviinilajeja, ja niitä voi nähdä saaren jäälautoilla talvikuukausina.
Alkuperäisten lajien lisäksi MacQuarie Islandilla on myös useita istutettuja lajeja, kuten:
-Kanit :Kanit toivat saarelle 1700-luvulla hylkeenpyytäjien ja valaanpyytäjien toimesta. Niistä on sittemmin tullut tuholaisia, koska ne kilpailevat alkuperäisten villieläinten kanssa ruoasta ja elinympäristöstä.
-Kissat :Kissat toivat saarelle myös hylkeenpyytäjät ja valaanpyytäjät. Niistä on myös tullut tuholaisia, koska ne saalistavat alkuperäisiä villieläimiä.
-Hiirit :Hiiret tuotiin saarelle vahingossa laivoilla. Niistä on sittemmin tullut tuholaisia, koska ne kilpailevat alkuperäisten villieläinten kanssa ruoasta ja elinympäristöstä.
-Rotat :Rotat tuotiin saarelle vahingossa laivoilla. Niistä on sittemmin tullut tuholaisia, koska ne kilpailevat alkuperäisten villieläinten kanssa ruoasta ja elinympäristöstä.
MacQuarie Islandille tuodut lajit muodostavat merkittävän uhan saaren alkuperäiselle villieläimille. Hallitus pyrkii hallitsemaan näitä populaatioita ja suojelemaan saaren ainutlaatuista ekosysteemiä.