1. Makean veden ympäristöt:Monet alkueläimet viihtyvät makean veden elinympäristöissä, kuten järvissä, lammissa, joissa ja puroissa. Esimerkkejä makean veden alkueläimistä ovat amebat, paramecia ja euglena.
2. Meriympäristöt:Alkueläimiä on runsaasti meren ekosysteemeissä, ja ne elävät vesipatsassa, merenpohjan sedimentissä ja jopa meren eliöiden pinnoilla. Meren alkueläimiin kuuluvat piilevät, dinoflagellaatit ja foraminiferat.
3. Maaperä:Joitakin alkueläimiä esiintyy maaperässä, jossa ne edistävät ravinteiden kiertoa ja orgaanisen aineksen hajoamista. Esimerkkejä maaperän alkueläimistä ovat amebat, flagellaatit ja ripset.
4. Symbioottiset suhteet:Monet alkueläimet muodostavat symbioottisia suhteita muiden organismien kanssa. Esimerkiksi jotkut alkueläimet elävät eläinten ruuansulatusjärjestelmissä, mikä auttaa ruoansulatuksessa ja ravinteiden imeytymisessä. Esimerkkejä ovat trichonympha termiiteissä ja Paramecium bursaria lattamatoissa.
5. Loisalkueläimet:Jotkut alkueläimet ovat loisia, jotka voivat aiheuttaa sairauksia eläimissä ja ihmisissä. Nämä loisalkueläimet voivat asua isäntiensä veressä, ruoansulatuskanavassa tai muissa kudoksissa. Esimerkkejä ovat malariaa aiheuttava Plasmodium ja afrikkalaista unihäiriötä aiheuttava Trypanosoma.
Kaiken kaikkiaan alkueläimiä löytyy erilaisista ympäristöistä makean veden ja meren ekosysteemeistä maaperään ja symbioottisiin assosiaatioihin muiden organismien kanssa.