elinympäristön tuhoaminen :Luonnollisten elinympäristöjen tuhoaminen on tärkeä syy sukupuuttoon. Kun eläinten kodit tuhoutuvat, he eivät välttämättä löydä ruokaa, suojaa tai kavereita, ja heidän väestönsä voivat vähentyä.
Ilmastomuutos :Ilmastomuutos voi aiheuttaa lämpötilan, sateiden ja merenpinnan muutoksia, jotka voivat vaikeuttaa eläinten selviytymistä. Esimerkiksi nousevat lämpötilat voivat aiheuttaa jääkarhut menettämään merijääympäristöään, ja sateiden muutokset voivat vaikuttaa autiomaiden eläinten ruoan saatavuuteen.
tauti :Tauti voi levitä nopeasti eläinpopulaatioiden kautta ja aiheuttaa laajalle levinnyttä kuolemaa. Esimerkiksi buboninen rutto tappoi miljoonia ihmisiä Euroopassa keskiajalla, ja kastanjahäviö tappoi miljardeja kastajapuita Pohjois -Amerikassa 1900 -luvun alkupuolella.
invasiiviset lajit :Invasiiviset lajit ovat ei-kotoperäisiä lajeja, jotka on tullut alueelle ja niistä on tullut uhkia kotoperäisille lajeille. Invasiiviset lajit voivat kilpailla kotoperäisten lajien kanssa ruokaa ja elinympäristöä varten, ja ne voivat myös kuljettaa sairauksia, jotka voivat vahingoittaa kotoperäisiä lajeja. Esimerkiksi sokeriruo'on rupikonnan käyttöönotolla Australiaan on ollut tuhoisa vaikutus kotoperäisiin sammakkolajeihin.
saalistus :Predaatio on luonnollinen prosessi, mutta kun ihmisen toiminta muuttaa Predator-Prey-suhteiden tasapainoa, se voi johtaa sukupuuttoon. Esimerkiksi saalistajien, kuten kissojen ja koirien, käyttöönotto saarille voi tuhota kotoperäiset lintuväestöt.