Pantanalissa asuu monenlaisia lintuja, mukaan lukien:
* Hyasintti ara
*Scarlet ara
* Suuri jalohaikara
* Jabiru haikara
* Ruusujen lusikkanokka
* Vihreäsiipinen ara
* Toco-tukaani
* Brasilian merisirkka
* Kampa ankka
Nisäkkäät
Pantanalista löytyy monia erilaisia nisäkkäitä, kuten:
* Jättiläinen armadillo
* Harjainen susi
* Chacoan pekari
* Pampaspeura
* Jaguar
* Ocelot
* Pohjoinen tiikerikissa
* Suopeura
* Kapybara
Matelijat ja sammakkoeläimet
Pantanalissa asuu myös erilaisia matelijoita ja sammakkoeläimiä, mukaan lukien:
* Vihreä anakonda
* Musta kaimaani
* Yacaren kaimaani
* Silmälasikaimaani
* Brasilian jättiläiskilpikonna
* Punajalkainen kilpikonna
* Tavallinen napsahtava kilpikonna
* Kultainen myrkkysammakko
* Punasilmäinen puusammakko
Kala
Pantanalissa elää yli 260 kalalajia, mukaan lukien:
* Punavatsainen piraija
*Musta piraija
* Payara
* Arapaima
* Tambaqui
* Pacu
* Monni
* Characins
* Cichlids