Evoluutioteorialla on ollut syvällinen vaikutus lajien luokitteluun. Ennen evoluutioteorian tulemista lajit luokiteltiin niiden fyysisten yhtäläisyyksien perusteella, ottamatta huomioon niiden evoluutiosuhteita. Evoluutioteoria esitteli kuitenkin yhteisen laskeutumisen käsitteen, jonka mukaan kaikki elävät organismit ovat peräisin yhteisestä esi -isästä. Tämä johti fylogeneettisen luokituksen kehittämiseen, joka ryhmittelee lajit niiden evoluutiosuhteiden perusteella, eikä niiden fyysisiin yhtäläisyyksiin.