Elinympäristön häviäminen ja pirstoutuminen :Jaguaarit tarvitsevat laajoja alueita ja erilaisia elinympäristöjä selviytyäkseen. Valitettavasti niiden luonnolliset elinympäristöt katoavat nopeasti ja pirstoutuvat metsien hävittämisen, maatalouden laajentumisen, infrastruktuurin kehittämisen ja kaupunkien kasvun vuoksi. Tämä ei ainoastaan vähennä jaguaarien vapaata liikkumistilaa, vaan myös häiritsee niiden lisääntymis-, ruokinta- ja muuttomalleja.
Ihmisen ja villieläinten välinen konflikti :Ihmisasutusten laajentuessa jaguaarien elinympäristöiksi syntyy konflikteja, kun jaguaarit saalistavat karjaa. Tämä voi johtaa maanviljelijöiden ja karjankasvattajien kostoihin, mikä johtaa jaguaarien tappamiseen. Lisäksi jaguaarit voidaan tappaa, jos ne muodostavat uhan ihmisten turvallisuudelle tai niitä pidetään haitallisina.
Ilmastonmuutos :Ilmastonmuutoksen vaikutukset, kuten muuttuneet sademäärät, nousevat lämpötilat ja äärimmäisten sääilmiöiden lisääntyminen, vaikuttavat jaguaarien elinympäristöihin ja saalispopulaatioihin. Nämä muutokset häiritsevät ekosysteemiä ja tekevät jaguaarien selviytymisestä ja menestyksekkäästä lisääntymisestä haastavampaa.
Rajoitettu geneettinen monimuotoisuus :Jaguaarien geneettinen monimuotoisuus on suhteellisen alhainen muihin isoihin kissalajiin verrattuna. Tämä tekee niistä haavoittuvampia elinympäristöjen häviämisen, metsästyksen ja muiden tekijöiden vaikutuksille, jotka voivat häiritä niiden populaatioita. Alhainen geneettinen monimuotoisuus voi heikentää lajin kykyä sopeutua ympäristön muutoksiin ja lisätä sukusiitosriskiä.