Jaguaarit mieluummin tiheää kasvillisuutta, jolla on pääsy vesilähteisiin, koska ne ovat ammattitaitoisia uimareita ja metsästävät ja juovat usein vesistöjen lähellä. He perustavat kotiruoat, joiden koko vaihtelee saaliin saatavuuden mukaan, mutta miesten alueet voivat kattaa useita satoja neliökilometrejä.
Elinympäristöjensä puitteissa jaguaareilla on tärkeitä ekologisia rooleja parhaimpana saalistajina, mikä auttaa ylläpitämään ekosysteemin tasapainoa säätelemällä saaliin väestöä. Ne ovat yksinäisiä eläimiä ja vievät usein luontotyyppejä, joilla on erilaisia saalista, kuten hirvieläimiä, pecccers, capybaras, tapirit ja monet muut.
Jaguaarien säilyttämispyrkimyksiin sisältyy elinympäristöjensä säilyttäminen ja suojaaminen näiden upeiden ja ekologisesti tärkeiden kissan saalistajien pitkäaikaisen selviytymisen varmistamiseksi.