1. Habitat Loss: Ensisijainen syy mustajalkaisten frettipopulaatioiden vähenemiseen on ollut niiden preerian niittyjen elinympäristön tuhoutuminen. Näiden maiden muuttaminen maatalouteen, kaupungistumiseen ja luonnonvarojen kehittämiseen on johtanut preeriakoirien ja myöhemmin mustajalkaisten frettien elinympäristön merkittävään vähenemiseen.
2. Myrkytys: Valtion tukemissa saalistoeläinten torjuntaohjelmissa preeriakoirien hävittämiseksi käytettiin usein myrkkyjä, kuten strykniiniä ja syanidia. Näitä myrkkyjä levitettiin preeriakoirien koloihin, ja ne vaikuttivat usein muihin kuin kohdelajeihin, kuten mustajalkafretsiin, mikä johti niiden määrän vähenemiseen.
3. Sairaus: Sylvaattirutto, *Yersinia pestis* -bakteerin aiheuttama tauti, on erittäin tarttuva mustajalkaisten frettien keskuudessa ja se on aiheuttanut vakavan populaation vähenemisen. Vaikka tauti on kotoisin joiltakin Pohjois-Amerikan alueilta, sitä levittivät eurooppalaiset uudisasukkaat ja heidän karjansa. Mustajalkafrettien alttius ruttolle on yksi tärkeimmistä niiden toipumista rajoittavista tekijöistä.
4. Metsästys ja pyynti: Mustajalkafrehrejä on metsästetty ja pyydetty aiemminkin lähinnä niiden turkin vuoksi. Tämä ei vaikuttanut merkittävästi heidän uhanalaisuuteensa, mutta lisäsi muiden tekijöiden kumulatiivista vaikutusta.
5. Kilpailu ja saalistus: Muutokset preeriaekosysteemissä, kuten preeriakoirien väheneminen ja kojoottien leviäminen, ovat vaikuttaneet mustajalkaisiin freteihin. Kojootit ja kotikoirat saalistavat mustajalkaisia frettejä, kun taas preeriakoirayhdyskuntien väheneminen vaikuttaa freteille sopivien kolojen, ravinnon ja suojan saatavuuteen.
Mustajalkafrettiä on pyritty suojelemaan ja elvyttämään vankeudessa kasvatettujen ohjelmien, uudelleenistutusten ja elinympäristöjen suojelutoimien avulla. Elinympäristöjen häviämisen, sairauksien ja saalistusten aiheuttamien jatkuvien haasteiden vuoksi laji on kuitenkin edelleen kriittisesti uhanalainen ja haavoittuvainen väestön vähenemiselle.