1. Ruoansulatussymbioosi: Tietyt flagellaattit sijaitsevat eläinten, kuten termiitien ja puuta syövien torakkojen ruuansulatusjärjestelmissä, auttaen särkymään ja hyödyntämään selluloosaa, monimutkainen sokeri, jota monet eläimet eivät voi sulattaa yksinään. Nämä flagellaattit auttavat isäntiään ravintoaineiden purkamiseen kasvimateriaalista, jolloin ne voivat menestyä ruokavaliossa, joka koostuu pääasiassa puusta tai muista selluloosa-rikkaista aineista.
2. ravinteiden vaihto: Jotkut flagellaattit, kuten tiettyjen meren selkärangattomien suolistossa löydetyt, harjoittavat ravinteiden vaihdon symbioosia. Ne tarjoavat isäntilleen välttämättömiä ravintoaineita, kuten vitamiineja ja aminohappoja, joita eläimillä olisi vaikeuksia saada pelkästään ympäristöstä. Vastineeksi Flagellaates vastaanottaa suojaa ja pääsyä isännän ruuansulatusjärjestelmässä oleviin ravintoaineisiin.
3. bioluminesenssisymbioosi: Joillakin merieläimillä, kuten tietyillä meduusalaisilla ja syvänmeren kaloilla, on kudoksissaan eläviä bioluminesenssiklppuja. Nämä flagellaatit tuottavat valoa biokemiallisten reaktioiden kautta, ja eläimet hyödyntävät tätä valoa erilaisiin tarkoituksiin, mukaan lukien saaliin houkutteleminen, saalistajien estäminen tai kommunikointi muiden lajiensa jäsenten kanssa.
4 Tietyt flagellaattit auttavat isäntiään lisääntymisessä. Esimerkiksi tietyillä muurahaisten ja termiittilajeilla on symbioottisia flagellaatteja, jotka auttavat heitä tuottamaan enemmän lisääntyviä (kuningattaret ja kuninkaat). Nämä flagellatit manipuloivat isännän kehitysreittejä varmistaen isäntäpesäkkeen selviytymisen ja leviämisen.
On syytä huomata, että kaikki flagellateja ja eläimiä koskevat vuorovaikutukset eivät ole hyödyllisiä. Jotkut flagellaatit voivat todellakin aiheuttaa haittaa loisia, mikä johtaa sairauksiin ja haitallisiin vaikutuksiin isäntäihin. Monet flagellates kuitenkin osallistuvat myös elintärkeisiin keskinäisiin suhteisiin, jotka edistävät sekä flagellaatin että eläimen, jonka kanssa he elävät, yleiseen terveyteen, selviytymiseen ja ekologiseen menestykseen.