Manaatti on haavoittuva laji useiden tekijöiden, mukaan lukien elinympäristöjen menetys, metsästys ja veden pilaantuminen.
- elinympäristön menetys: Rannikkokehitys, kuten venesataman ja seinämien rakentaminen, tuhoaa tai fragmentteja, jotka ovat monissa, mikä vaikeuttaa ruokaa ja suojaa. Lisäksi pilaantumisen ja ihmisen toiminnan aiheuttamat veden laadun muutokset voivat vaikuttaa meriruohojen, manaatin ensisijaisen ruokalähteen kasvuun.
- metsästys: Joillakin alueilla manaatit metsästävät edelleen lihaaan kansainvälisistä ja kansallisista suojauksista huolimatta.
- Veden pilaantuminen: Manaateihin vaikuttaa negatiivisesti altistuminen myrkyllisille aineille ja haitallisille levien kukinnoille, voi aiheuttaa sairauksia ja kuolemaa heikentämällä niiden hengityselinten, ruoansulatus-, lisääntymisjärjestelmiä. Jotkut myrkylliset aineet voivat myös kertyä manaattien kehon kudoksiin, jotka johtavat pitkäaikaisiin kroonisiin vaikutuksiin, mukaan lukien immuuni, endokriiniset häiriöt tai jopa geneettiset vauriot, jotka voivat vaikuttaa niiden selviytymiskykyyn meriympäristössä