Toisaalta elinympäristön puhdistus on elinympäristön täydellinen poistaminen, tyypillisesti maan muuttamiseksi toiseen käyttöön, kuten maatalouden tai kehityksen. Vaikka luontotyyppien pirstoutuminen voi tapahtua elinympäristön puhdistuksen seurauksena, nämä kaksi termiä eivät ole synonyymejä.
Elinympäristön pirstoutumisella voi olla useita kielteisiä vaikutuksia biologiseen monimuotoisuuteen ja ekosysteemin toimintaan. Esimerkiksi se voi vähentää lajien käytettävissä olevan elinympäristön määrää, mikä voi johtaa väestön vähentymiseen. Se voi myös lisätä sisäsiitoksen ja muiden geneettisten ongelmien riskiä. Lisäksi luontotyyppien pirstoutuminen voi häiritä lajien liikkumista ja estää niitä pääsemästä tärkeisiin resursseihin, kuten ruokaan, veteen ja kavereihin.
Elinympäristön pirstoutumisella voi olla myös useita kielteisiä vaikutuksia ekosysteemin toimintoon. Se voi esimerkiksi johtaa muutoksiin kasvi- ja eläinyhteisöjen koostumuksessa, jotka voivat häiritä ruokaketjua ja muita ekologisia vuorovaikutuksia. Se voi myös lisätä eroosion riskiä ja muita ympäristön pilaantumisen muotoja.
Elinympäristön puhdistus on tärkeä syy elinympäristöjen pirstoutumiseen, mutta se ei ole ainoa. Muita ihmisen toimintaa, joka voi johtaa elinympäristön pirstoutumiseen, ovat kaivostoiminta, tienrakennus ja pilaantuminen.
Elinympäristön pirstoutuminen on vakava uhka biologiselle monimuotoisuudelle ja ekosysteemin toiminnalle. On tärkeää ryhtyä toimiin sen vaikutusten lieventämiseksi suojaamalla olemassa olevaa elinympäristöä ja palauttamalla hajanainen elinympäristö.