On kuitenkin joitain tapauksia, joissa:
* suurempi kala Kuten monni tai piranhas, saattavat saalistaa nuoria, sairaita tai loukkaantuneita joen delfiinejä.
* krokotiilit Tietyillä alueilla saattaa aiheuttaa uhan, etenkin vasikoille.
* ihmiset ovat suurin uhka joen delfiineille elinympäristön menetyksen, pilaantumisen ja kalastusvälineiden vahingossa tapahtuvan takertumisen vuoksi.
On tärkeää muistaa, että joen delfiinit ovat sopeutuneet ympäristöönsä ja ovat kehittyneet saalistamisen välttämiseksi. Ne ovat ketteriä uimareita ja käyttävät kaiuttelua navigointiin ja metsästämiseen, mikä tekee niistä vaikeaa kohteita useimmille saalistajille.