Merkittävin syy villieläinten sukupuuttoon on elinympäristön menetys ihmisen toiminnan vuoksi. Ihmispopulaatioiden kasvaessa ja laajentuessa olemme tunkeutumassa eläinten luonnollisiin elinympäristöihin, pakottamalla heidät kilpailemaan rajoitetuista resursseista ja tekemään niistä alttiimpia sairauksille. Luontotyyppien pirstoutuminen, joka tapahtuu, kun suuret elinympäristöt jaotellaan pienempiin, eristettyihin laikkuiksi, voi myös olla tuhoisaa vaikutusta villieläimiin, koska se vähentää käytettävissä olevien resurssien määrää ja vaikeuttaa eläinten liikkumista ja ruoan löytämistä.
2. Liiallinen käyttö
Liiallinen käyttö on toinen tärkeä syy villieläinten sukupuuttoon, etenkin lajeille, jotka metsästävät tai korjataan niiden turkista, lihasta tai muista kehon osista. Kestämättömät metsästys- ja kalastuskäytännöt voivat nopeasti vähentää eläinpopulaatioita vaarallisesti alhaiseen tasoon, ja vaikka metsästys tai kalastus lopetetaan, lajien voi olla liian myöhäistä.
3. Ilmastomuutos
Ilmastomuutos on kasvava uhka villieläimille, koska se aiheuttaa muutoksia ympäristössä, johon monet lajit eivät pysty sopeutumaan. Nousevilla lämpötiloissa, sademuutoksissa ja äärimmäisempien säätapahtumien muutoksilla on kaikki kielteisiä vaikutuksia villieläimiin, ja monilla lajeilla on seurauksena sukupuuttoon sukupuuttoon.
4. Pilaantuminen
Saastumisella voi olla myös tuhoisa vaikutus villieläimiin, etenkin veden pilaantumisen ja ilman pilaantumisen suhteen. Kemikaalit ja muut epäpuhtaudet voivat tulla ympäristöön ja saastuttaa vesilähteitä, mikä tekee niistä vaarallisia eläinten juomiseen. Ilman pilaantuminen voi myös aiheuttaa hengitysvaikeuksia ja muita eläinten terveysongelmia, ja se voi jopa vahingoittaa heidän elinympäristöään.
5. Invasiiviset lajit
Invasiiviset lajit ovat ei-alkuperäislajeja, jotka tuodaan alueelle ja jotka sitten ylittävät kotoperäiset lajit resursseille. Invasiiviset lajit voivat levittää tauteja, saalistaa alkuperäisiä eläimiä ja muuttaa elinympäristöjä, joilla kaikilla voi olla kielteisiä vaikutuksia villieläimiin ja myötävaikuttaa sukupuuttoon.
6. Tauti
Tauti voi myös olla tärkeä syy villieläinten sukupuuttoon, etenkin lajeille, joilla on pieniä populaatioita tai jotka ovat jo stressaantuneita muiden tekijöiden, kuten elinympäristön menetyksen tai ilmastonmuutoksen vuoksi. Sairaudet voivat levitä nopeasti eläinpopulaatioiden kautta, ja ne voivat usein olla tappavia.
7. Ihmisen villien elämän konflikti
Ihmisten villieläinten konflikti on toinen syy villieläinten sukupuuttoon, koska se voi johtaa eläinten tappamiseen, joiden katsotaan olevan uhka ihmisille tai heidän omaisuudelle. Tähän voi kuulua eläimiä, jotka metsästävät urheilua tai turkista, samoin kuin eläimiä, jotka tapetaan, koska niitä pidetään tuholaisina tai koska ne vahingoittavat viljelykasveja tai karjaa.