Tässä ovat syvän järven pääkerrokset:
1. Epilimnion:Tämä on järven ylempi, lämpimin kerros. Se on hyvin valaistu ja sisältää suuren määrän happea. Täällä suurin osa fotosynteettisestä aktiivisuudesta tapahtuu, ja planktoni ja muut organismit menestyvät.
2. Metalimnion:Tämä on kerros nopeasti alenevaa lämpötilaa, joka erottaa epilimnionin hypolimnionista. Se tunnetaan myös termokliininä. Tämä kerros voi olla useita metrejä paksu ja toimii esteenä järven ylä- ja alakerrosten välillä estäen sekoittumista.
3. Hypoolimnion:Tämä on järven syvä, kylmä, pohjakerros. Se on himmeästi valaistu ja sisältää hyvin vähän happea. Hypolimnionin vesi on tiheämpää eikä sekoittuu helposti ylempien kerrosten kanssa. Tämä kerros voi olla satoja metrejä syvällä suurissa järvissä.
4. Profundaalivyöhyke:Järven syvin osa kutsutaan Profundal Zoneiksi. Sille on ominaista kylmät lämpötilat, alhaiset happitasot ja rajoitettu näkyvyys. Tällä vyöhykkeellä elävät organismit ovat sopeutuneet näihin ankariin olosuhteisiin.
Joten vaikka syvissä järvissä ei ole täsmälleen samoja vyöhykkeitä kuin meribiomilla, niillä on selkeä kerros ja lämpötilan, valon tunkeutumisen ja happitasojen vaihtelu, mikä aiheuttaa organismien erilaisia ekologisia markkinarakoja ja yhteisöjä.