Yleensä kalat voivat sietää vähäisiä etikkahappoa koskevia pitoisuuksia lyhyen ajan. Pitkäaikainen altistuminen tai altistuminen korkeammille pitoisuuksille voi kuitenkin aiheuttaa merkittävää haittaa. Kalojen etikkahapon toksisuus vaihtelee myös lajista riippuen. Jotkut kalat ovat herkempiä happamoitumiselle kuin toiset.
Etikkahappo voi vaikuttaa myös kalan laatuun kalasäiliössä tai lampissa, etenkin jos sitä lisätään suurina määrinä. Se voi alentaa veden pH:ta, mikä tekee siitä happamamman. Tämä voi olla haitallista kaloille ja muille vesieliöille, koska ne on mukautettu tiettyyn pH -alueeseen.
Siksi on välttämätöntä olla varovainen käytettäessä etikkahappoa akvaarioissa tai lampissa. Sitä tulisi käyttää vain pieninä määrinä ja tiettyihin tarkoituksiin, kuten desinfiointi akvaariolaitteisiin tai tiettyjen sairauksien hoitamiseen. Etikkahapon liiallinen käyttö tai virheellinen käyttö voi johtaa haitallisiin vaikutuksiin kaloihin ja muihin vesieliöihin.