Elinympäristöjen tuhoaminen :Pohjatroolaus tuhoaa tärkeitä meren elinympäristöjä, kuten koralliriutat, sienipenkit ja meriruohoniityt. Nämä ekosysteemit ovat välttämättömiä erilaisten merilajien selviytymiselle ja tarjoavat ravintoa, suojaa ja pesimäalueita. Kun troolarit kulkevat näiden alueiden läpi, ne raapuvat ja murskaavat kaiken tielleen, jättäen jälkeensä karun ja häiriintyneen merenpohjan.
sivusaalis :Pohjatroolauksella on paljon sivusaaliita, mikä tarkoittaa muiden kuin kohdelajien tahatonta pyyntiä. Monet merieläimet, kuten delfiinit, valaat, merikilpikonnat ja merilinnut, sotkeutuvat verkkoihin ja menehtyvät tai loukkaantuvat usein prosessin aikana. Sivusaalis myötävaikuttaa näiden haavoittuvien lajien vähenemiseen ja häiritsee meren ekosysteemien herkkää tasapainoa.
Liikakalastus :Pohjatroolarit käyttävät umpimähkäisiä kalastusmenetelmiään ja pyytävät sekä kohdelajeja että muita lajeja. Tämä käytäntö on johtanut monien kalakantojen liikakäyttöön, mikä on ajanut jotkin lajit romahduksen partaalle. Pohjatroolaus vahingoittaa myös meren ravintoketjua poistamalla tärkeitä saalislajeja muille petoeläimille.
Merenpohjan häiriöt :Pohjatroolauksessa käytetyt raskaat pyydykset voivat aiheuttaa merkittäviä vahinkoja merenpohjalle. Verkot raapivat ja tiivistävät sedimenttiä muuttaen sen rakennetta ja koostumusta. Tämä häiriö voi häiritä merenpohjassa tapahtuvia luonnollisia prosesseja ja vaikuttaa pohjaeliöstöihin, jotka ovat riippuvaisia siitä selviytymisessä.
Haamukalastus :Kadonneet tai käytöstä poistetut kalastusvälineet, mukaan lukien verkot, siimat ja ansat, voivat jatkaa meren elävien pyydystämistä ja tappamista senkin jälkeen, kun niitä ei enää käytetä. Tämä ilmiö tunnetaan nimellä "haamukalastus", ja se edistää pohjatroolauksen aiheuttamia jatkuvia vahinkoja. Haamukalastus voi sotkeutua ja tappaa merieläimiä, mikä pahentaa meripopulaatioiden vähenemistä.
Pohjatroolauksen tuhoisten vaikutusten käsittelemiseksi vaaditaan yhä enemmän kestäviä kalastuskäytäntöjä ja vaihtoehtoisia kalastusmenetelmiä, jotka minimoivat meren ekosysteemeille ja muille kuin kohdelajeille aiheutuvat vahingot. Merensuojelutoimissa olisi keskityttävä kriittisten elinympäristöjen suojeluun, vastuullisten kalastusmääräysten täytäntöönpanoon ja kuluttajien vastuullisten valintojen edistämiseen kestävien kalastuskäytäntöjen tukemiseksi.