Valtameren happamoituminen on vakava uhka pullonokkadelfiineille, koska se voi häiritä niiden kykyä kaikua, kommunikoida ja metsästää ruokaa. Veden alentuneet pH-arvot voivat myös muuttaa delfiinien saalista, mikä vaikuttaa koko ekosysteemiin.
Valtamerten happamoitumisen pitkän aikavälin vaikutukset pullonokkadelfiineihin ja muihin meren lajeihin ovat monimutkaisia ja epävarmoja, mikä edellyttää jatkuvaa tutkimusta ja aktiivisia suojelutoimia sen vaikutusten lieventämiseksi.