Pygmy-merihevosen ihossa on kerros erikoistuneita soluja, joita kutsutaan kromatoforeiksi. Kromatoforit sisältävät pigmenttirakeita, joita voidaan hajottaa tai tiivistää ihon värin muuttamiseksi. Merihevosella on myös pienten lihasten verkosto, joka pystyy hallitsemaan kromatoforien liikettä. Tämän ansiosta merihevonen voi nopeasti muuttaa väriään vastaamaan ympäröivää korallia.
Värin muuttamisen lisäksi kääpiömerihevonen voi myös muuttaa ihonsa rakennetta. Tämä saadaan aikaan toisen tyyppisillä erikoissoluilla, joita kutsutaan ihon papilleiksi. Ihon papillit ovat pieniä, meheviä ulkonemia, joita voidaan nostaa tai laskea ihon rakenteen muuttamiseksi. Pygmy-merihevonen käyttää tätä mukautusta sopeutuakseen ympäröivään koralliin, mikä tekee petoeläinten havaitsemisesta entistä vaikeampaa.
Pygmy-merihevosen kyky naamioida itsensä on välttämätöntä sen selviytymiselle. Sen avulla ne voivat sulautua ympäristöönsä ja välttää petoeläinten syömistä. Se on myös hyödyllistä, kun he metsästävät saalista, koska he voivat käyttää naamiointiaan saaliinsa väijytykseen.