2. Salametsästys ja metsästys: Bonoboja metsästetään lihan ja joskus laittoman lemmikkikaupan vuoksi. Bushmeat-kauppa on vakava uhka, sillä bonoboja tapetaan niiden lihan vuoksi ja myydään paikallisilla markkinoilla.
3. Taudin leviäminen ihmisestä: Ihmispopulaatioiden läheisyys voi myös vaikuttaa bonoboihin taudin leviämisen vuoksi. Tartuntataudit, kuten hengitystieinfektiot ja Ebola-virus, voivat olla kohtalokkaita ihmisapinoille, mukaan lukien bonobolle.
4. Rajoitettu valikoima: Bonobojen luonnollinen levinneisyysalue on suhteellisen pieni muihin apinalajeihin verrattuna, ja ne rajoittuvat pääasiassa Kongon altaaseen Kongon demokraattisessa tasavallassa. Tämä rajoitettu toiminta-alue tekee niistä alttiimpia elinympäristöjen häviämisen, salametsästyksen ja ihmisten häiriöiden vaikutuksille.
5. Hidas lisääntymisnopeus: Bonoboilla, kuten muillakin ihmisapinoilla, on pitkä elinikä, mutta hidas lisääntymisnopeus. Tämä tarkoittaa, että niiden populaatiot toipuvat hitaasti metsästyksen, taudin tai elinympäristön häviämisen vaikutuksista, mikä lisää niiden uhanalaisuuden riskiä.
6. Tietoisuuden puute: Viime aikoihin asti bonobot ovat saaneet vähemmän huomiota ja suojeluresursseja kuin muut suuret apinalajit. Tämä tietoisuuden ja priorisoinnin puute on vaikuttanut heidän haavoittuvaan asemaan.
Suojelujärjestöjen, suojelualueiden, salametsästyksen vastaisten toimenpiteiden ja tietoisuuden lisäämisen kautta pyritään suojelemaan jäljellä olevia bonobokantojen ja niiden elinympäristön säilyttämistä. Jatkuvat uhat ja poliittinen epävakaus Kongon demokraattisessa tasavallassa tekevät kuitenkin bonobon suojelusta haastavan hankkeen.