Metsästys ja pyynti: Pygmy-sikoja metsästetään lihan ja ihon vuoksi. Niitä pyydetään myös lemmikkikauppaa varten, koska niitä pidetään eksoottisina eläiminä. Metsästys ja pyynti edistävät entisestään niiden väestön vähenemistä.
Kilpailu kotieläinten kanssa: Alueilla, joilla pygmy-sikot elävät lähellä ihmisiä ja heidän karjaansa, ne kilpailevat ruoasta ja luonnonvaroista. Kotieläimet voivat myös kantaa sairauksia, jotka voivat olla kohtalokkaita pygmy-sioille.
Sukusiitos ja geneettinen monimuotoisuus: Pienen populaatiokoon ja pirstoutuneisuuden vuoksi pygmy-sikot ovat sukusiitosvaarassa. Sukusiitos voi johtaa terveysongelmiin ja geneettisen monimuotoisuuden vähenemiseen, mikä tekee populaatiosta alttiimman taudeille ja ympäristön muutoksille.
Säilytystoimet: Suojelujärjestöt ja valtion virastot työskentelevät suojellakseen pygmy-sikaa ja sen elinympäristöä. Tähän sisältyy suojelualueiden perustaminen, salametsästyksen vastaisten toimenpiteiden toteuttaminen ja tietoisuuden lisääminen tämän ainutlaatuisen lajin suojelun tärkeydestä.