- trooppinen sademetsä :Manaatit löytyvät Keski- ja Etelä-Amerikan trooppisista sademetsistä, joissa ne elävät tiheiden metsien läpi virtaavissa hitaasti virtaavissa joissa ja suistoissa.
- Mangrovepuut :Mangrovemetsät ovat rannikon kosteikkoja, joita esiintyy trooppisilla ja subtrooppisilla alueilla ympäri maailmaa. Manaatit löytyvät usein mangrovealueilta, missä ne ruokkivat matalissa vesissä kasvavia meriheiniä.
- Koralliriutat :Manaatteja löytyy myös koralliriuttojen ekosysteemeistä, joissa ne ruokkivat riuttojen lähellä olevissa matalissa vesissä kasvavia meriruohoja.
- Meriruohoniityt :Meriheinäniityt ovat vedenalaisia niittyjä, jotka muodostuvat tiheistä meriheinäkasveista. Manaatit ovat voimakkaasti riippuvaisia meriheinistä, ja niitä löytyy meriheinäniityiltä eri rannikkoalueilla.