1. makean veden: Niitä esiintyy yleisesti makean veden elinympäristöissä, kuten järvissä, lampissa ja jokissa. Ne voivat menestyä sekä seisovissa että virtaavissa vesistöissä.
2. Meriympäristöt: Joitakin chaonoflagellaatteja löytyy meriympäristöistä, mukaan lukien rannikkovesit ja avoimet valtameret. Niitä löytyy erilaisista syvyyksistä matalista rannikkoalueista syviin valtamerten vesiin.
3. maaperä: Joitakin chaonoflagellaattilajeja löytyy kosteasta maaperästä ja maanpäällisistä ympäristöistä. He voivat asua maaperän huokosissa ja mikrohabitateissa, joissa on runsaasti orgaanista ainetta ja kosteutta.
4. Symbioottiset suhteet: Tietyt chaonoflagenaatit muodostavat symbioottisia suhteita muihin organismeihin. Esimerkiksi jotkut lajit elävät yhdessä meren selkärangattomien, kuten sienien tai korallien kanssa, joissa ne edistävät isännän ravintoaineiden hankkimista ja puolustusta.
5. Äärimmäiset ympäristöt: Jotkut chaonoflagenaatit ovat sopeutuneet selviytymään äärimmäisissä ympäristöissä, kuten kuumissa lähteissä, happamissa vesissä tai ympäristöissä, joissa on korkeat suolakonsentraatiot. Niillä on ainutlaatuisia sopeutumisia, joiden avulla he voivat menestyä näissä haastavissa olosuhteissa.
Tietyn chaonoflagellaattilajin erityinen elinympäristön mieltymys riippuu sen fysiologisista sopeutumisista ja ekologisista vaatimuksista. Nämä organismit käyttävät erilaisia elinympäristöjä, jotka vaihtelevat makean veden ekosysteemeistä meriympäristöihin ja jopa maanpäällisiin olosuhteisiin.