Yksi tärkeimmistä huolenaiheista on mahdollisuus, että Wombatit välittävät sairauksia muille eläimille. Wombatsilla tiedetään kantavan erilaisia loisia ja sairauksia, joista osa voi olla haitallista muille lajeille. Esimerkiksi loispunkin aiheuttama Wombat Sarcoptic Mange voi aiheuttaa vakavia iho -infektioita ja jopa kuolemaa muissa kotoperäisissä eläimissä, kuten Tasmanian paholaiset ja quoll -lajit.
Wombats voi myös aiheuttaa vaurioita infrastruktuurille ja ihmisten rakentaville rakenteille. Heidän hautauskäyttäytymisensä voi johtaa eroosioon, teiden vaurioihin ja jopa rakennusten ja muiden rakenteiden romahtamiseen. Tämä on erityisesti ongelma alueilla, joilla on löysä tai hiekkainen maaperä.
Lisäksi Wombatsin tiedetään ruokkivan kotoperäisiä kasveja, ja joissain tapauksissa tämä voi vaikuttaa paikalliseen kasvistoon. Wombatsilla on erityinen mieluummin tiettyjä kasvilajeja, ja niiden laiduntamistottumukset voivat johtaa muutoksiin kasvillisuuden koostumuksessa, mikä mahdollisesti vaikuttaa muihin villieläimiin, jotka luottavat näihin kasvien resursseihin.
Näiden huolenaiheiden ratkaisemiseksi villieläinten hallintastrategiat toteutetaan alueilla, joilla Wombatin väestö on korkea tai sillä on merkittävä vaikutus villieläimiin ja ihmisen toimintaan. Näihin strategioihin voi liittyä väestönhallintatoimenpiteitä, kuten Wombattsin säännellyt teurastuksen tai siirtämisen muille alueille, samoin kuin elinympäristöjen hallinta, joka minimoi konfliktit Wombatsin ja muiden villieläinten välillä.