Kun tarkastellaan uhanalaisia lajeja erityisesti, niiden tilan arviointi Antarktikassa voi olla haastava rajoitetun tutkimuksen ja ympäristön ainutlaatuisten ominaisuuksien vuoksi. Vaikka Etelämantereella on joitain ainutlaatuisia ja haavoittuvia lajeja, "uhanalaisen" käsitettä sovelletaan tyypillisesti lajeihin, jotka kohtaavat suuret sukupuuttoon sukupuuttoon syntymättömät elinympäristöt. Antarktikan äärimmäisen ja eristetyn luonteen vuoksi monilla sen lajeilla on erikoistuneita mukautuksia ja populaatioita, joita ei välttämättä uhkaa sukupuuttoon globaalissa mittakaavassa.
Tietyt Etelämantereen alueen lajit on kuitenkin tunnistettu haavoittuviksi tai lähes uhanalaisiksi kansainvälisille suojelujärjestöille, jotka johtuvat niiden populaatioista vaikuttavista erityisistä tekijöistä. Näihin voi kuulua elinympäristöjen menetys tai ihmisen toiminnan aiheuttamat muutokset, ilmastonmuutosvaikutukset heidän ympäristöönsä ja meriresurssien mahdollisen liikakalastuksen.
Esimerkiksi kansainvälinen luonnonsuojeluyhdistys (IUCN) Punainen luettelo uhanalaisista lajeista luettelee joitain Etelämantereen lajeja mahdollisten uhkien kohdalla, mukaan lukien:
- Keisari Penguin:Listattu "lähes uhanalaiseksi" johtuen mahdollisesta elinympäristöjen menetyksestä ilmastovetoisten merijään muutoksista.
- Adelie Penguin:Listattu "vähiten huolenaiheeksi", mutta sen todettiin olevan alttiina ilmastoon liittyville elinympäristöjen muutoksille.
- Etelämantereen sininen valas:lueteltu "uhanalaisina" menneiden valaanpyyntien ja melusaasteiden mahdollisten vaikutusten vuoksi niiden viestintään.
- Etelämantereen Minke Whale:Luettelo "vähiten huolenaihe", mutta sen todettiin olevan alttiina saaliin saatavuuden mahdollisille ilmastoon liittyville muutoksille.
- Ross Sea Toothfish:Listattu "haavoittuvaksi" ylikalastuksen vuoksi joillakin eteläisen valtameren alueilla.
On tärkeää huomata, että lajien säilyttämistila ja riskitasot voivat muuttua ajan myötä jatkuvaan tutkimukseen, ympäristömuutoksiin ja säilyttämistoimiin. Antarktikan tarkka lukumäärä voi vaihdella eri suojelujärjestöjen käyttämien erityisten kriteerien ja määritelmien mukaan.
Kaiken kaikkiaan, vaikka Antarktisella on ainutlaatuinen ja haavoittuva ekosysteemi, sillä ei ole suurta määrää endeemisiä lajeja, jotka ovat kriittisesti uhanalaisia globaalissa mittakaavassa. Jatkuva seuranta- ja säilyttämispyrkimykset ovat välttämättömiä sen monipuolisen kasvisto- ja eläimistön suojelun varmistamiseksi.