Geneettinen monimuotoisuus: Kloonaus tuottaa geneettisesti identtisiä yksilöitä. Geneettisen monimuotoisuuden puute voi tehdä väestöstä alttiimman sairauksille, ympäristön muutoksille ja muille uhille.
Käyttäytymiseen liittyvät ja ekologiset vaikutukset: Kloonatuista eläimistä saattaa puuttua sukupolvien evoluution aikana kehitettyä luonnollista käyttäytymistä, sosiaalisia rakenteita ja ekologisia vuorovaikutuksia. Tämä voi häiritä ekosysteemin dynamiikkaa.
Kilpailu ja resurssien käyttö: Kloonattujen yksilöiden tuominen maahan voi lisätä kilpailua luonnonvaroista, kuten ravinnosta, elinympäristöstä ja kavereista, mikä vaikuttaa muihin lajeihin.
Taudin leviäminen: Kloonatut eläimet voivat kantaa sairauksia tai geneettisiä vikoja, jotka voivat levitä luonnonvaraisiin populaatioihin.
Elinympäristön soveltuvuus: Kloonatut eläimet eivät välttämättä ole hyvin sopeutuneet luonnollisten elinympäristöjensä erityisolosuhteisiin, mikä johtaa alhaisiin eloonjäämisasteisiin.
Ekosysteemin toiminta: Kloonattujen eläinten ekologisen vaikutuksen puuttuminen, kuten pölytys, siementen leviäminen tai saalistus, voi muuttaa ekosysteemin toimintaa.
Luonnollisen valinnan puute: Kloonaus ohittaa luonnollisen valinnan, mikä eliminoi vähemmän sopeutuneet yksilöt. Tämä voi johtaa populaatioon, joka ei sovellu hyvin ympäristöön.
Ennustamattomat pitkän aikavälin vaikutukset: Kloonauksen ja geneettisesti identtisten eläinten sisällyttämisen ekosysteemiin pitkän aikavälin ekologisia seurauksia ei täysin ymmärretä.
Vaikka uhanalaisten lajien kloonaus saattaakin vaikuttaa lupaavalta suojeluvälineeltä, siihen tulee suhtautua varoen, ja sen mahdollisten riskien ja ekosysteemeihin kohdistuvien vaikutusten arvioimiseksi tarvitaan perusteellinen tutkimus.