Saasteet: Saasteet, mukaan lukien öljyvuodot, jätevedet, hulevedet ja maatalouden valumat, voivat tukahduttaa koralliriuttoja, estää auringonvalon ja korallien kasvun. Kemikaalit voivat myrkyttää meren eliöt, ja niillä voi olla negatiivinen vaikutus korallien kasvuun ja kalojen lisääntymiseen. Maataloudessa käytettävien lannoitteiden ja torjunta-aineiden vuoto voi johtaa leväkukintaan, joka tukahduttaa koralliriuttoja ja horjuttaa ravintoketjun ekosysteemiä.
Ilmastonmuutos: Ilmaston lämpenemisen aiheuttama valtamerten lämpötilan nousu voi valkaista ja tappaa korallia, ja äärimmäiset sääilmiöt, kuten hurrikaanit ja taifuunit, voivat tuhota koralliriuttoja. Happamoituminen, eli valtameren pH-tason aleneminen hiilidioksidin imeytymisen vuoksi, on myös uhka koralliriutalle. Valtameren happamoituminen vaikeuttaa korallien luurankonsa rakentamista ja ylläpitämistä, mikä voi johtaa koralliriuttojen romahtamiseen.
Liikakalastus voi häiritä ravintoketjua ja vähentää kasvinsyöjien populaatiota hallitsevien petoeläinten määrää. Tämä voi johtaa kasvinsyöjien määrän kasvuun, mikä voi vahingoittaa riutta laiduntamalla koralleja. Liikakalastus voi myös johtaa sammakalan suoraan pyyntiin ravinnon lähteenä.
Sivusaalis: Sammakkokalat voivat jäädä tahattomasti kalastusverkkoihin ja troolareihin, mikä voi johtaa niiden kuolemaan.
Matkailu: Hallitsematon matkailu voi johtaa koralliriuttojen tallaamiseen ja sammakoiden elinympäristöjen tuhoutumiseen. Sukeltajat ja snorklaajat voivat myös pudottaa ankkureita koralliriuttoihin, mikä voi vahingoittaa niitä.