Merisiilit lisääntyvät seksuaalisesti. Urokset vapauttavat veden siittiöt, jotka naiset keräävät. Hedelmöitetyt munat kehittyvät toukkia, jotka uivat vapaasti vedessä. Jonkin ajan kuluttua toukat laskeutuvat valtameren pohjaan ja niistä tulee aikuisia siiliä.