Muna- ja poikasen kuolleisuus: Merijään oheneminen lisää myös munan ja poikasen kuolleisuuden riskiä murskaamalla tai hukkumalla.
saaliin ehtyminen: Ilmastomuutos vaikuttaa pienen katkarapujen kaltaisen krillin runsauteen, keisari pingviinille ja heidän saaliinsa keskeiseen ruokalähteeseen vähentäen niiden saatavuutta pingviinille.
Kalastus ja muut ihmisen toiminta: Ihmiset voivat häiritä pingviinipesäkkeitä kalastuksen, matkailun ja tieteellisen tutkimuksen avulla, etenkin herkän jalostus- ja pesämisaikana.
Muovinen pilaantuminen :Keisari pingviinit voivat nauttia valtameressä muovijätteitä etsiessään ruokaa, mikä johtaa terveysongelmiin ja vähentää selviytymistä.
tauti ja loisten puhkeamiset: Ilmastomuutos voi muuttaa ekosysteemidynamiikkaa ja paljastaa keisari pingviinit uusille sairauksille tai loisille, joita niitä ei ole mukautettu käsittelemään, mikä johtaa väestön vähentymiseen.
Muiden lajien kilpailu :Merijään menettämisen ja ekosysteemien muuttuessa keisari pingviinit saattavat kohdata lisääntynyttä kilpailua muiden lajien elintarvikkeiden ja jalostusalueiden suhteen, mikä vahvistaa edelleen heidän kohtaamiaan uhkia.