1. epätäydelliset fossiiliset tietueet :Fossiilitietue on usein hajanainen ja epätäydellinen erilaisten tekijöiden, kuten kivettyneiden jäännösten, tafonomisten prosessien ja eri organismien epätasaisen säilyttämisen vuoksi. Tämä puutteellisuus voi vaikeuttaa sukupuuttoon sukupuuttoon sukupuuttoon liittyvien lajien morfologiaa ja anatomisia piirteitä koskevia kattavia käsityksiä, jotka ovat tärkeitä tarkan luokituksen kannalta.
2. rajoitettu pehmytkudosten säilyttäminen :Fossiilit säilyttävät pääasiassa kovat rakenteet, kuten luut, hampaat ja kuoret. Pehmeät kudokset, kuten lihakset, elimet ja iho, fossiilisoivat harvoin, jättäen merkittäviä aukkoja tietoihimme sukupuuttojen organismien kokonaismäärästä, väristä ja käyttäytymisestä. Tämä voi tehdä haastavaksi sijoittaa ne tarkasti olemassa oleviin taksonomisiin ryhmiin.
3. tafonominen muutos :Tafonomiset prosessit, jotka viittaavat organismiin kuoleman jälkeen tapahtuviin muutoksiin ennen sen fossiilisointia, voivat merkittävästi muuttaa jäännösten morfologiaa. Tekijät, kuten poisto, sää, kuljetus ja hautaaminen, voivat vääristää, rikkoa tai jopa tuhota tärkeitä anatomisia piirteitä, mikä vaikeuttaa organismin tunnistamista ja luokittelua.
4. morfologinen lähentyminen ja salaperäiset lajit :Jotkut sukupuuttoon sukupuuttoon kuuluvat organismit ovat saattaneet kehittyä samanlaisia ominaisuuksia kuin muut lajit lähentyvän evoluution tai sopeutumisen vuoksi samanlaisiin ekologisiin kapeisiin. Tämä lähentyminen voi johtaa taksonomiseen sekaannukseen ja virheelliseen luokitteluun, etenkin kun se perustuu yksinomaan fossiilisiin todisteisiin. Salaperäiset lajit, jotka ovat erillisiä lajeja, mutta joilla on minimaaliset morfologiset erot, voivat myös vaikeuttaa sukupuuttoon kuuluvien organismien luokittelua.
5. Geneettisen datan puute :Pelkästään fossiiliset todisteet eivät tarjoa suoraa pääsyä geneettiseen tietoon, mikä on välttämätöntä nykyaikaisissa taksonomisissa menetelmissä, kuten DNA -analyysissä. Geneettinen tieto voi paljastaa organismien väliset suhteet ja antaa tietoa niiden evoluutiohistoriasta. Ilman geneettistä tietoa sukupuuttoon kuolleiden organismien luokittelu voidaan rajoittaa morfologisiin vertailuihin, jotka eivät aina ole vakuuttavia.
6. Taksonominen tarkistus ja muuttuvat käsitteet :Taksonomiset luokitukset tarkistetaan jatkuvasti uusien fossiilisten löytöjen, tutkimusmenetelmien edistymisen ja evoluutiosuhteiden tulkinnan muuttuvien tulkintojen perusteella. Tämä taksonomian dynaaminen luonne tarkoittaa, että pelkästään fossiilisiin todisteisiin perustuvat luokitukset voivat vanhentua tai tarkistaa, kun ymmärryksemme sukupuuttoon kuolleista organismeista paranee.
Näistä haasteista huolimatta paleontologit käyttävät erilaisia tekniikoita ja lähestymistapoja sukupuuttoon kuuluvien organismien luokittelemiseksi, mukaan lukien vertaileva anatomia, funktionaalinen morfologia ja fylogeneettinen analyysi. Yhdistämällä fossiiliset todisteet muihin tietolähteisiin, kuten sedimentologia, paleoekologia ja biogeografia, tutkijat pyrkivät rekonstruoimaan sukupuuttoon kuuluvien organismien evoluutiohistoriaa ja suhteita ja asettamaan ne laajempaan elämänpuun tilanteeseen.