1. Energian menetys: Kun energiaa kulkeutuu ravintoketjussa, osa siitä häviää lämmön muodossa. Tämä tarkoittaa, että korkeammalla troofisella tasolla oleville organismeille on vähemmän energiaa käytettävissä. Tämän seurauksena jokaisella peräkkäisellä trofiatasolla on vähemmän organismeja ja ravintoketju lyhenee.
2. Kilpailu: Organismit kullakin troofisella tasolla kilpailevat keskenään luonnonvaroista, kuten ruuasta ja tilasta. Tämä kilpailu voi rajoittaa niiden organismien määrää, jotka voivat selviytyä kullakin trofiatasolla, ja se voi myös johtaa joidenkin lajien sukupuuttoon.
3. Salistus: Korkeammalla troofisella tasolla olevat organismit joutuvat usein saaliiksi alemmilla trofiatasoilla. Tämä voi rajoittaa niiden organismien määrää, jotka voivat saavuttaa korkeammat trofiset tasot, ja voi myös johtaa joidenkin lajien sukupuuttoon.
4. Ympäristötekijät: Ympäristötekijät, kuten ilmastonmuutos, saastuminen ja elinympäristöjen tuhoutuminen, voivat kaikki vaikuttaa ravintoketjujen pituuteen. Nämä tekijät voivat häiritä energian ja ravintoaineiden virtausta ravintoketjujen läpi ja johtaa joidenkin lajien sukupuuttoon.
Näistä tekijöistä johtuen ravintoketjut ovat tyypillisesti lyhyitä, ja niissä on vain muutama trofiataso. Tämä tarkoittaa, että ravintoketjun huipulla on suhteellisen vähän organismeja ja että nämä organismit ovat usein alttiita sukupuuttoon.