Mustajalkaiset fretit metsästävät paikallistamalla ja menemällä preeriakoirien koloihin. He käyttävät terävää kuulo- ja hajuaistiaan havaitakseen preeriakoirien läsnäolon maan alla. Kun fretti on sisällä kolossa, se etsii saalistaan ja hyökkää sen kimppuun. Ne ovat tehokkaita saalistajia ja voivat tappaa useita preeriakoiria yhdellä metsästyskerralla.
Preeriakoirien lisäksi mustajalkaiset fretit voivat ajoittain syödä muita pieniä nisäkkäitä, kuten maa-oravat, hiiret ja myyrät. Niiden tiedetään myös syövän lintuja, hyönteisiä ja liskoja, vaikka nämä tuotteet muodostavat pienen osan heidän ruokavaliostaan.
Mustajalkafrettien riippuvuus preeriakoirista ensisijaisena ravinnonlähteenä tekee niistä erittäin erikoistuneita petoeläimiä. Niiden suojelun taso liittyy läheisesti preeriakoirayhdyskuntien saatavuuteen ja runsauteen. Preeriakoirapopulaatioiden väheneminen elinympäristön häviämisen, sairauksien ja torjuntatoimien vuoksi on vaikuttanut merkittävästi mustajalkafrettien populaatioon ja osaltaan vaikuttanut niiden uhanalaiseen asemaan.